鹽酸的另一大主要用途是制備有機化合物，例如合成PVC塑料的原料氯乙烯、二氯乙烷、聚碳酸酯的前體雙酚A、催化膠黏劑聚乙烯醇縮甲醛、抗壞血酸等。企業合成PVC時通常不用市售的，而使用內部制備的鹽酸。鹽酸在制藥方面也有很大的用途。在氯氣和氫氣的反應過程中，有毒的氯氣被過量的氫氣所包圍，使氯氣得到充分反應，防止了對空氣的污染。在生產上，往往采取使另一種原料過量的方法使有害的、價格較昂貴的原料充分反應。